Μέσα στις εβδομάδες μετά την εκτόξευσή του, στις αρχές του 2006, όταν το New Horizons της NASA ήταν ακόμα κοντά στη Γη, χρειάζονται μόλις λίγα λεπτά για τη μετάδοση μιας εντολής στο διαστημόπλοιο και τη λήψη της απάντησής του. Καθώς το σκάφος διέσχιζε το ηλιακό μας σύστημα και η απόστασή του από τη Γη αυξανόταν, ο χρόνος αυτός μεγάλωνε, και στις 17 Απριλίου έφτασε σε ένα σπάνιο διαστημικό ορόσημο: 50 AU (αστρονομικές μονάδες), δηλαδή 50 φορές μακρύτερα από τον ήλιο από ό,τι είναι η Γη.
Το New Horizons είναι το πέμπτο σκάφος που φτάνει σε τέτοια απόσταση, μετά τα Voyager 1 και 2 και τους προκατόχους τους, Pioneer 10 και 11. Βρίσκεται σε απόσταση περίπου 7,5 δισεκατομμυρίων χιλιομέτρων, σε μια περιοχή όπου οι εντολές, που ταξιδεύουν με την ταχύτητα του φωτός, χρειάζονται επτά ώρες για να φτάσουν.
Για να «γιορτάσει» την επέτειο αυτή, το New Horizons φωτογράφησε την αστρική περιοχή όπου βρίσκεται ένας από τους «ξαδέλφους» του, το Voyager 1, από τη δική του θέση στη Ζώνη Κάιπερ. Ποτέ ξανά στο παρελθόν διαστημόπλοιο στη Ζώνη Κάιπερ δεν είχε φωτογραφήσει τη θέση ενός ακόμα πιο μακρινού διαστημοπλοίου, που βρίσκεται πλέον στο διαστρικό διάστημα. Αν και το διαστημόπλοιο είναι πολύ αχνό για να φανεί απευθείας, η NASA γνωρίζει με ακρίβεια τη θέση του.
Κατά την έναρξη του ταξιδιού του, στις 19 Ιανουαρίου 2006, το New Horizons ταξίδευε με ταχύτητα 58.500 χιλιομέτρων ανά ώρα, και, σύμφωνα με τη NASA, εξακολουθεί να είναι το ταχύτερο αντικείμενο ανθρώπινης κατασκευής που έχει εκτοξευτεί ποτέ από τη Γη. Το πέρασμά του (gravity assist) από τον Δία μείωσε το ταξίδι του προς τον Πλούτωνα κατά περίπου τρία χρόνια, ενώ του επέτρεψε να τραβήξει τις καλύτερες εικόνες που έχουν τραβηχτεί ποτέ από τον αχνό δακτύλιο του Δία και να καταγράψει το πρώτο βίντεο της έκρηξης ενός ηφαιστείου πέρα από τη Γη. Έκανε την πρώτη εξερεύνηση του συστήματος του Πλούτωνα τον Ιούλιο του 2015, και μετά το πιο μακρινό «flyby» στην ιστορία (καθώς και την πρώτη κοντινή ματιά σε αντικείμενο της Ζώνης Κάιπερ), περνώντας από το σώμα Άροκοθ το 2019.
