Ποινική δίωξη για τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου ασκήθηκε από τις εισαγγελικές αρχές μετά την ολοκλήρωση της προκαταρκτικής εξέτασης που διενεργούσε ο εισαγγελέας Πρωτοδικών, Ιωάννης Σέβης. Η ποινική δίωξη στρέφεται σε βάρος του πατέρα Αντώνιου, της πρεσβυτέρας και δύο ακόμα προσώπων.
Η ποινική δίωξη αφορά τα αδικήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος. Η πρεσβυτέρα, Σταματία Γεωργαντή, φέρεται να έχει τελέσει τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης ως φυσικός αυτουργός ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις. Και οι δύο επίσης βαρύνονται με το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Ταυτόχρονα, ποινική δίωξη σε βαθμό πλημμελήματος ασκήθηκε σε βάρος ενός πρώην εργαζόμενου στην Κιβωτό του Κόσμου για συνέργεια σε πλημμεληματική υπεξαίρεση αφού -σύμφωνα με τα αποτελέσματα της έρευνας- ένα μέρος του μισθού του (30.000 ευρώ) φαίνεται πως επέστρεφε στην οργάνωση. Για το ίδιο αδίκημα διώκεται και ένα συγγενικό πρόσωπο του ζευγαριού καθώς στη θυρίδα του σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ.
Αξίζει να σημειωθεί πως, κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής εξέτασης ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα, έδωσαν εξηγήσεις με την ιδιότητα των υπόπτων και αρνήθηκαν τις κακουργηματικές κατηγορίες που τους αποδίδονται χωρίς όμως οι απαντήσεις τους να πείσουν τον Εισαγγελέα.
